林凤翔也不愧是当世名将，发现了湘军擅守不擅攻的弱点，便极力主张先打下汉阳和武汉立足，然后再掉过头来慢慢收拾湘军，而秦日纲虽然没有完全赞同林凤翔的观点，却又同意了先攻打汉阳的计划。当下太平军立即布置作战策略，由林凤翔率军攻打汉阳，由秦日纲率领水师屯驻江心岛天兴洲，防范湘军水师西进阻挠太平军渡江。
在千余条小拔船的运载下，太平军只用了一天时间，就让上万陆师将士踏上了北岸土地，期间吓破了胆的湖广总督杨霈几次三番命令曾国藩进兵截击，然而曾国藩却惧怕太平军水师的小船海战术，始终不敢进兵，眼睁睁的看着太平军成功渡过长江，并且立即向与武汉隔江相望的汉阳城发起了进攻。
没有任何的悬念，清军的战斗力本来就差，贪生怕死的杨霈又早早就把大部分的汉阳驻军撤到南岸守卫武汉城，汉阳城里就只有两百绿营和一千多乡勇守城，才刚看到太平军在城外陈列重炮轰击，这些绿营兵和乡勇就已经纷纷缒城而逃，守将鲍超与新上任没几天的汉阳县令根本约束不住，后来看到形势危急，鲍超干脆借口向杨霈求援，带了几个亲兵乘小船向南逃命，汉阳县令上吊自杀，太平军轻松拿下汉阳城，在武汉战场上夺得一处稳定立足地。
再接着，虽说秦日纲再次拒绝了林凤翔乘机攻打武汉的建议，却也采纳了林凤翔提出的另一条正确建议，决定在长江南岸的大堤口与长江北岸的南岸嘴之间架设一道浮桥及多条铁索，以此为基础修筑大量水上工事，切断湘军与湖南大后方的联系！（长江北岸的南岸嘴地名非笔误，南岸是指汉水南岸。）
太平军着手修建浮桥和铁索工事的时候，曾国藩也终于沉不住气了，虽说曾国藩现在已经用不着在乎是否能够保住武汉——甚至还有点希望武汉失守，然而一旦真的让太平军切断了湘军与湖南之间的联系，那么粮草军需全靠湖南大后方补给的湘军就将陷入窘境甚至险境。所以曾国藩别无选择，也只能是立即催动湘军水陆大军西进，增援武汉并夺回上游之利。
惨烈大战就此展开，由十余条红单船与一百三十余条轻便战船组成的湘军水师逆流而上，刚抵达天兴洲就马上被太平军的小拔船船海淹没，千炮齐发声震云霄，烈火熊熊炮声隆隆，大小船只交织如麻，喊杀声与枪炮声连绵不绝，各种各样的恐怖声音汇为一股，有如地狱恶鬼的齐声嚎叫。
陆地上的战事同样激烈，即便手里拿的绝大部分都是原始火绳枪，然而经过严格训练的林凤翔军仍然还是把线性战术玩得有模有样，三段射加空心刺猬阵拦道，冲锋突破的湘军将士纷纷倒地，死伤惨重也无法突破太平军的防御阵地。大战中，急红了眼的曾国藩还一度亲临前线督战，差一点还被流弹打中。
激战到了下午时，靠着船大炮猛的优势，湘军水师在付出了惨重代价后，终于还是突破了太平军水师的拦截，成功杀到武汉城下。消息传到陆地战场上，曾国藩也含着眼泪命令士兵抛弃宝贵粮草和不必要的辎重，只携带枪支弹药和火炮轻装前进，迂回绕过太平军的拦截阵地向武汉疾驰，林凤翔也不得放弃线性战术，挥军猛攻湘军侧翼，最后湘军靠着李续宾和胡林翼两军的舍命殿后，终于还是胜利突破太平军拦截，取道小龟山抵达武汉城下。杨霈闻讯大喜，赶紧命人打开忠孝门，迎接湘军入城驻扎。
如果不是粮草辎重丢了一个精光，什么实职实权都没有捞到的曾国藩绝对不愿住进武汉城帮杨霈卖命，但是没办法，湘军今天不进城明天就得饿肚子，曾国藩别无选择，也只好老老实实带着陆营进城驻扎，又让曾国葆率领水师驻扎到了长沙洲，无可奈何的登上了杨霈的贼船，一万个不乐意的给杨霈和忤逆学生守卫武汉。
还好，为了让曾国藩和湘军死心塌地的给自己卖命，杨霈这一次待曾国藩倒是相当不错，要钱给钱要粮给粮，还亲自出面压制绿营，避免绿营兵与湘军发生冲突，这才让曾国藩的心理稍微平衡了一点。同时进驻城池后，本来就擅长打防守战的湘军有了居高临下的优势，打起来顿时就轻松了许多，在守城中先后好几次打退了太平军的进攻，很快就把战事拉入了均势对峙的状态。
随着一度万分危急的局势渐渐稳定，太平军逐渐失去了乘虚拿下武汉城的希望，杨霈和曾国藩也开始出现了乐观情绪，觉得孤军远来的太平军后援不济，粮草不足，肯定难以长期久战，要不了就会自行退军，保住武汉已经问题不大。然而谁也没有想到的是，二十来天后，新的噩耗又突然传来——太平军的西征主帅石达开，竟然派遣部将韦俊和陈玉成率领一万多兵马押粮赶来增援武汉战场，还已经进入了湖北境内！
对杨霈和曾国藩来说，这个消息当然是天塌地陷一般的震惊，曾国藩也万万没想到石达开会放着近在咫尺的南昌城不打，偏偏要劳师远征来打武昌府城，铁了心要和自军死拼到底！而震惊之余，曾国藩也难免是暗暗叫苦，暗道：“惨了，这一仗就算能够取胜，打完了我也非得大伤元气不可！”
曾国藩震惊，林凤翔和秦日纲等太平军将领也在满头雾水，搞不懂石达开为什么这么重视武昌府城——之前因为武昌府城太过难打，湘军抵抗猛烈，再加上武昌府城几近战乱民生凋零，粮草稀缺，已经没有多少油水可捞，林凤翔和秦日纲可是已经请示石达开是否退兵放弃攻打武昌府城的。现在石达开不但没有下令撤军，相反还给武昌府战场派来援军，林凤翔和秦日纲就彻底搞不懂石达开的用意了。
最后，还是韦俊派来与林凤翔等人联络的信使解释了其中原因，信使直接对林凤翔和秦日纲说道：“不错，翼王五千岁之前是已经打算暂时不攻打武昌，准备先集中兵力拿下南昌府。但是我们的细作探到消息，说是清妖皇帝已经任命了超越小妖署理湖北巡抚。翼王五千岁担心超越小妖后到了湖北后秣兵历马，对天国西线形成巨大威胁，所以翼王五千岁才毅然决定先打武昌府城，让超越小妖到了湖北也没有立足之地，更没有时间和机会从容练兵，在湖北战场落入被动下风。”
秦日纲和林凤翔恍然大悟，然后林凤翔还狞笑说道：“好啊，踩着我们天国将士的尸体向上爬，超越小妖爬得倒是挺快的，还不到二十岁就当上了清妖的巡抚。来得好，这次我们正好找他清算新帐老帐！”
稍微盘算了一下后，秦日纲点了点头，说道：“翼王英明，不错，既然超越小妖要来担任湖北巡抚，那我们最好是在他上任前拿下武昌府城，让他到了湖北也没地方立足，还得乖乖的送上门来给我们报仇雪恨的机会。”
说罢，秦日纲又转向林凤翔说道：“林丞相，既然翼王五千岁一定要我们拿下武昌府城，还给我们派来了援军，那我们也别浪费时间了，用老办法地道攻城如何？先挖一条地道直抵武昌城下，等韦丞相和陈检点的援军到了，我们正好合力攻城！”
“就这么办！”林凤翔想都不想，一口答应！
危机象乌云重新笼罩到武昌府城的头上，随着太平军援军的迅速逼近，曾经两度被太平军攻占的武昌府城里人心惶惶，各种各样的流言蜚语满天飞，不要说战斗力底下的清军绿营兵士气沮丧，就是湘军内部都出现了惧怕声音，驻扎在城外的曾国葆还一度亲自跑进城里，劝说曾国藩尽快率领湘军离开武昌府城，退回湖南躲避太平军的锋芒。
“兄长，听小弟一声劝，我们还是尽快退兵的好，长毛又往武昌战场增兵，一定要拿下武昌府城的态度已经十分坚决，我们坚守下去就算最终保住了武昌，也非得元气大伤，何必呢？反正你不是湖广总督也不是湖北巡抚，能不能保住武昌府城根本无所谓，就算武昌府城丢了，那也是杨霈和吴超越操心的事，与我们有什么相干？”
曾国藩迟迟不语，过了很长时间才犹豫着说道：“那……，我们该用什么借口撤出武昌战场？”
“借口有的是。”曾国葆想都不想就说道：“湖南那边也不太平，盗匪满地，我们就借口湖南盗匪猖獗危急我们将士的家乡，我们的将士担心家乡亲人的安全，一致要求撤回湖南剿匪，然后和杨霈打声招呼就走了算。反正你又不归他统属，他又能把你怎么样？”